Mikroaaltouuni säteilee sekä matalataajuista että radiotaajuista sähkömagneettista säteilyä, kun se on päällä ja sillä lämmitetään ruokaa. Koska mikro säteilee molempia säteilytyyppejä melko voimakkaasti, sen käyttö voi olla sopimatonta sähköherkälle. Toisaalta mikroa käytetään tyypillisesti vain vähän aikaa kerrallaan, mikä pitää kokonaisaltistuksen kohtuullisen pienenä.
Matalataajuinen magneettikenttä on erityisen voimakas mikron vieressä, mutta se vaimenee nopeasti etäisyyden kasvaessa. Noin 2 metrin päässä mikron tuottamaa magneettikenttää ei pitäisi pystyä enää juuri erottamaan taustasäteilystä. Matalataajuinen sähkökenttä vaimenee saman tapaisesti.
Mikroaaltouuni lämmittää ruokaa voimakkaalla radiotaajuisella 2450 MHz:n sähkömagneettisella säteilyllä. Osa säteilystä myös vuotaa mikrosta ulos. Standardeissa (ICNIRP, CENELEC) mikroille on sallittu enintään 50 W/m2 säteilytehotiheys 5 cm:n päässä mikrosta. Tällaisessa huonoimmassa tapauksessa Sähköherkkyyssäätiön määrittelemän tavanomaisen säteilyn ylärajan 1 mW/m2 alle päästäkseen käyttäjän tulisi olla noin 11 metrin päässä mikrosta, jos tila on avoin. Seinät ja muut rakenteet vaimentavat säteilyä yleensä nopeammin. Nyrkkisääntönä voisikin pitää, että samassa huoneessa, jossa mikro on, altistuu tavanomaista voimakkaammalle radiotaajuiselle säteilylle, kun mikroa käytetään.
Mikroaaltouunin säteily riippuu mikron mallista, lämmitystehosta, lämmitettävän ruuan määrästä sekä mikron iästä ja kunnosta, eritoten etuluukun tiiviydestä. Tarkkaa turvaetäisyyttä on siten vaikea antaa. Ihan mikron vieressä, alle 2 metrin päässä, ei kannata oleskella, kun se on päällä. Mielellään ei edes samassa huoneessa, mutta toisaalta päällä olevaa mikroa ei saa jättää valvomattakaan.